晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、体验一把出海作战的感觉看你瘦的像只猴子似的别忘了在腰间拴上两个铅块，要不然纽约的大风会把你刮跑了。”巴拉克警官无奈的说道。“得了吧我的老伙计，我这身材才叫标准，不信你到医院去检查肯定有糖尿病。”巴拉克警官狠狠的瞪了一眼自己的老搭档，白班警官巴拉克随手拿起边上的拘留档案，随意的翻了起来笑呵呵的说道。“我看看今天有没有什么特殊的情况出现。（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
　　为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…